Supercząsteczki mogą ulegać dalszej agregacji w wielocząsteczkowe zespoły supramolekularne, które mogą być jedno- lub wielofunkcyjne w zależności od rodzaju cząsteczek wchodzących w ich skład. Zespół supramolekularny jednofunkcyjny może np. transportować cząsteczki różnych substratów, ale tylko pod warunkiem, że będą one miały jakiś określony element wspólny (m.in. grupę funkcyjną lub zdefiniowany, tzn. o określonej konformacji lub konfiguracji, układ grupy atomów jednego z fragmentów cząsteczki), po którym poszczególne receptory wchodzące w skład zespołu